서곡
현인 자라스트로는 아이들과 함께 «마술 피리»라는 놀라운 책을 읽고 있다. “먼 나라에서 유유한 삶을 살고 잇는 타미노 왕자에게 그의 아버지인 왕은 타미노가 공적을 달성할 때가 왔다고 엄숙하게 말한다. 내부자들은 타미노에게 눈가리개를 하며 활과 화살을 주어 출발시킨다...»
제1막
거대한 무서운 구렁이는 타미노를 공격하고 그가 정신을 잃고 쓰러진다. 시녀 세 명이 나타나고 구렁이를 죽인다. 타미노를 살려준 시녀 세 명은 서로 눈치를 보며 누가 잘생긴 타미노를 돌봐야 하는지에 대해 싸운다. 하지만 결국은 타협을 보지 못한 그들이 밤의 여왕에게 왕자에 대해 이야기하려고 궁으러 떠난다.
정신을 차린 타미노는 특이한 사람이 보인다. 새잡이 파파게노이다. 그는 새 사냥을 생업으로 하고 밤의 여왕에게 새를 가져다준다. 타미노는 파파게노가 자신의 목숨을 구해 준 것으로 믿고 파파게노는 이를 거부하지 않는다. 그러나 파파게노는 그의 거짓말에 대해 처벌을 받게 된다. 시녀 세 명이 돌아와 파파게노에게 입을 틀어막고 얼굴에 마스크를 낀다. 그리고 타미노에게 놀라운 아름다움을 가진 소녀의 초상화를 건네준다. 밤의 여왕의 딸 파미나이다. 타미노는 즉시 미녀 파미나와 사랑에 빠진다. 시녀 세 명은 전능하고 잔인한 자라스트로가 파미나를 유괴했다고 말한다. 그때 천둥의 울음과 번개의 번쩍임속에서 밤의 여왕이 나타난다. 타미노가 딸을 구해 주면 파미나는 영원히 그의 여자가 되리라고 엄숙하게 약속하고 사라진다. 시녀 세 명은 파파게노에게서 마스크를 벗고 다시 거짓말을 하지 않겠다고 맹세하라고 한다. 시녀들은 타미노에게 모든 장애물을 극복하는 데 돕는 마술 피리를 주고 파파게노에게 사람들을 즐겁게 하는 은종을 준다. 타미노와 파파게노는 세 명의 소년과 함께 자라스트로 신전으로 출발한다.
자라스트로 신전에서는 세 명의 노예가 도망간 파미나를 지켜봐야 하는 모노스타토스를 놀리고 있다. 갑자기 모노스타토스는 탈출한 파미나와 함께 나타나며 그녀와 함께 혼자 지내고 싶다고 모두에게 나가라고 한다. 그때 파파게노가 파미나의 방으로 몰래 들어가고 파미나를 키스하려고 하는 모노스타토스와 얼굴을 마주쳐 서로의 모습에 놀라 허둥지둥 도망친다. 파미나는 어머니를 부르고 있지만, 어머니에게 나쁜 일이 일어난 것을 기억내고 절망에 빠진다.
파파게노는 파미나를 찾아 그녀의 어머니인 밤의 여왕께서가 그를 보내셨다고 설명한다. 그리고 타미노 왕자가 파미나를 사랑한다고 말하며, 파미나는 "사랑"이라는 말만 듣고 흥분해진다. 둘이 함께 도망친다. 도망치는 도중에 파파게노는 자기가 애인이 없다고 불평을 한다.
소년 세 명이 타미노를 자라스트로 신전으로 데려간다. 지혜의 신전에서 시제 자라스트로가 나타난다. 그는 타미노에게 밤의 여왕이 그를 속였다고 말하며 자라스트로가 사악한 마법사 아니고, 지혜롭고 정의로운 통치자이며 신 의지에 따라 파미나를 유괴하게 되었다고 알려준다. 사제가 타미노에게 말할 수 있는 것은 여기까지이다. 가입례 후에만 타미노가 모든 비밀을 알 수 있다고 한다. 타미노는파미나가 살아 있는지 신들에게 말해달라고 한다. 신비한 목소리는 소녀가 안전하고 건전하다고 답한다. 기뻐하는 타미노는 신에게 감사를 표하는 마법의 피리를 분다. 이에 따라 파파게노의 피리의 소리가 들려온다. 파파게노와 파미나는 타미노가 부는 피리 소리를 듣고 그를 향해 달려가지만 그들을 좇고 있는 모노스타토스를 마주치게 된다. 파파게노가 가져 있는 은종은 그들을 돕는다. 은종의 울림으로 촤면에 걸린 모노스타토스는 잠이 든다. 그러나 그때 파미나와 파파게노 앞에서 자라스토라가 나타난다. 진실만 말하겠다고 결심한 파미나는 마법사에게 도망치고 싶었다고 고백하고 모노스타토스의 괴롭힘에 대해 불평한다. 자라스트로는 기분 좋게 용서해준다. 그녀가 타미노를 사랑한다는 것을 잘 알고 있다. 타미노 왕자를 붙잡은 모노스타토스는 보상 대신 태형 60대를 맞게 하겠다고 약속한다. 그러나 타미노와 파미나는 아직 못 만나게 한다. 타미노와 파파게노가 여전히 일련의 시련을 거쳐야 하기 때문이다. 사제와 변사는 타미노와 파파게노의 눈을 가리고 신전으로 데려간다.
제2막
타미노와 파파게노는 어둠 속에 혼자 있다. 천둥이 울린다. 탈출구를 찾는 중에 둘은 손에 횃불을 들고 있는 변사와 사제를 만난다. 그들은 둘이 지혜와 사랑의 왕국에 들어갈 자격이 있다면 타미노뿐만 아니라 파파게노도 여기서 애인을 찾아내어 행복할 것이라고 약속한다. 그러기 위해서는 침묵의 시련을 겪어아 한다. 타미노와 파파게노를 말 시키려고 하는 시녀 세 명이 나타난다. 파파게노는 무심코 말을 하려다가 타미노로부터 주의를 받아 그 위기에서 벗어난다. 사제와 변사가 돌아올 때 파파게노를 무서워하게 하는 천둥이 울리며. 시녀 세 명이 사라진다. 변사느 타미노에게 첫 번째 시련을 잘 마쳤다고 한다. 한편, 모노스타토스는 정원 정자에서 자고 있는 파미나에게 몰래 다가와서 그녀를 키스하려고 한다. 그러나 밤의 여왕이 갑자기 나타나 모노스타토스가 몸을 숨긴다. 밤의 여왕은 깨어난 딸에게 단검을 주면서 자라스트로를 죽이라고 말하며 그렇지 않으면 딸을 포기하겠다고 위협한다. 밤의 여왕이 사라진 후 전체 대화를 들었던 모노스타토스는 다시 파미나를 추행한다. 거부를 받은 그는 소녀를 죽이려고 한다. 그 순간에 자라스트로가 나타나 그녀를 살려준다. 내쫓긴 모노스타토스는 밤의 여왕을 섬기려고 하고 떠난다. 자라스트로는 밤의 여왕이 패배할 것이고 파미나가 타미노와 함께 행복을 찾을 것이라고 파미나에게 예측한다.
사제와 변사는 타미노와 파파게노를 위한두 번째 별리의 시련을 준비한다. 그들은 계속 침묵하도록 명령했지만 파파게노는 입을 다물지 못하고 목이 말랐다고 불평한다. 이에 대한 처벌로 그 앞에서 늙은 여자가 나타난다. 그녀는 파파게노에게 물을 주면서 자기가 18살이라고 말하며 둘이 연인이라고 한다. 공포에 질린 파파게노는 늙은 여자의 얼굴에 물을 뿌리고 천둥이 울림과 함께 그녀가 도망친다.
세 명의 소년이 타미노와 파파게노에게 음식물을 가져오며 악기를 돌려준다. 타미노는 조용히 피리를 들고 파파게노는 곧장 음식물에 달려든다. 파미나가 올 때도 타미노는 계속 침묵한다. 파미나는 파파게노에게 무슨 일이냐고 물어보지만 이번에는 파파게노도 침묵을 유지한다. 파미나가 절망에 빠져 자살하기로 한다.
그러나 시련은 무엇이든 계속 진행해야 한다. 파파게노와 타미노가 떠나야 하지만 파파게노는 계속 먹는다. 타미노는 힘으로 그를 끌려고 하지만 결국 포기하고 떠난다. 혼자 남아 있는 파파게노에게 사자가 다가온다. 그는 겁에 질려 타미노를 부르고, 타미노가 돌아와 피리를 불며 파파게노를 살려준다. 겁을 먹은 파파게노는 이제 타미노의 말을 잘 듣겠다고 약속한다.
시련 결과로 파파게노가 투옥당한다. 그는 외로워하고 무서워한다. 그는 배 고프다. 그는 절망으로 울고 있다. 그는 등장한 변사에게 신성한 기쁨 대신에 일반 육체적 쾌락을 선호한다고 인정한다. 그때 그의 소원이 기적적으로 성취된다. 파파게노는 와인 한 잔을 받게 되지만 여전히 행복하지 못하다. 연인이 아직 없기 때문이다. 그때 파파게노 앞에서 늙은 여자가 다시 나타난다. 그녀와 결혼하는 것은 자유를 얻는 유일한 방법이다. 파파게노가 그녀와의 결혼에 동의하자 늙은 여자는 아름다운 소녀 파파게나로 변한다. 파파게노는 그녀에게 뛰어가지만 변사가 그들 사이에 등장하고 파파게노는 지하로 떨어진다.
타미노의 사랑에 대한 믿음을 잃은 파미나는 어머니가 준 단검으로 자살을 시도하지만, 세 명의 소년는 타미노가 그녀를 사랑한다는 것을 확신시켜 자살하지 못하게 한다. 그들은 타미노를 찾는 데에 파미나를 도와주고, 파미나는 마술 피리의 기원의 비밀을 타미노에게 알려준다. 둘은 물과 불의 마지막 시련이 남아 있다. 마술 피리를 불면서 타미노는 파미나에게 붙어 위험한 고난의 시련을 이겨낸다. 그들의 시련은 끝났다.
자기 애인을 보고 싶어하는 파파게노는 절망하며 자살하기로 한다. 그때 세 명의 소년이 도와주러 온다. 그들의 조언에 따라 그는 마술 은종을 흔들자 파파게나가 돌아온다. 그들은 행복하다. 밤의 여왕은 모노스타토스와 시녀 세 명과 함께 자라스트로 신전을 공격하고 파괴할 준비를 한다. 그러나 자라스트로는 음모를 밝히고 밤의 여왕은 그녀의 측근자들과 함께 어둠 속에서 영원히 사라진다. 이윽고 환한 빛이 비치는 태양, 지혜와 사랑은 세상에 돌아온다.
