Действие первое
Красная площадь в Москве. Светает. Боярин Шакловитый — ставленник царевны Софьи — диктует подьячему донос Петру I на начальника стрельцов князя Ивана Хованского, задумавшего посадить на престол сына и водворить на Руси старый порядок. Тем временем дозорные стрельцы похваляются недавней расправой над ненавистными боярами. В память об этих кровавых событиях на площади поставлен столб, где высечены имена казнённых. У столба останавливаются пришлые люди. Они заставляют подьячего прочесть им надписи. В горестное раздумье повергает их мысль о смуте, о стрелецком самовластье.
Под приветственные крики стрельцов появляется князь Иван Хованский. За ним — его сын Андрей Хованский, который преследует своими любовными притязаниями Эмму, девушку из Немецкой слободы. Посулами и угрозами пытается он добиться любви Эммы. На её защиту встаёт раскольница Марфа, недавняя возлюбленная Андрея. Эту сцену видит возвратившийся Иван Хованский. Ему самому приглянулась Эмма, но Андрей готов скорее убить её, чем отдать отцу. Занесённый над девушкой нож властно отводит Досифей, глава раскольников.
Действие второе
Кабинет князя Василия Голицына — фаворита царевны Софьи. Князь погружён в мрачное раздумье, его одолевает страх перед будущим.
Пастор Немецкой слободы приходит к нему с жалобой на самоуправство Хованских, но князь не желает слушать его.
Через потайную дверь в покои князя проникает Марфа. Явившаяся под видом гадалки, Марфа предсказывает князю опалу. Суеверный Голицын в смятении. Чтобы сохранить пророчество в тайне, он велит слуге утопить гадалку, но Марфа успевает скрыться.
В доме Голицына собираются противники Петра I. Беседа Голицына и Хованского — скрытых соперников, ненавидящих и боящихся друг друга, — переходит в ссору, которую прекращает Досифей. Он призывает их смирить кичливую гордость, подумать о спасении Руси. Вбегает взволнованная Марфа. Она рассказывает о покушении на её жизнь и чудесном спасении, пришедшем от солдат молодого царя Петра. С тревогой слышат заговорщики это имя. Но ещё страшней весть, принесённая Шакловитым: царь узнал о заговоре, заклеймил его хованщиной и велел «сыскать».
Действие третье
К дому Хованских в Замоскворечье пришла Марфа. Тяжело переживает она измену князя Андрея. Досифей, утешая, уводит её с собой.
Проснувшиеся пьяные стрельцы предаются буйному, бесшабашному веселью. Его прерывает насмерть перепуганный подьячий. Стряслась беда: нещадно побивая жителей слободы, приближаются петровские войска. Стрельцы ошеломлены. Они просят Хованского вести полки в бой. Но, страшась Петра, князь призывает стрельцов покориться и разойтись по домам.
Действие четвёртое
Картина первая
Слуга Голицына предупреждает Хованского, укрывшегося в своем подмосковном имении, что его жизнь в опасности. Хованский вспыхивает гневом — кто посмеет тронуть его в собственной вотчине? Появляется Шакловитый с приглашением от царевны Софьи на тайный совет. Хованский приказывает подать парадные одежды. Однако едва князь выходит из палаты, как наёмник Шакловитого ударяет его кинжалом.
Картина вторая
Расправа ожидает и других заговорщиков: князь Голицын отправлен под конвоем в ссылку, рейтарам дан приказ окружить раскольничьи скиты. Не знает о крушении заговора лишь Андрей Хованский. Он не верит Марфе, сообщившей ему об убийстве его отца, и тщетно трубит в рог, созывая свой полк. Однако, увидев стрельцов, которых ведут на казнь, Андрей понимает, что всё погибло, и в страхе просит Марфу спасти его.
Стрельцы уже склоняют головы над плахами, но посланный Петром боярин Стрешнев в последний момент объявляет указ о помиловании.
Действие пятое
Поляна в глухом лесу. Ночь. В одиночестве скорбит Досифей. Он сознаёт обречённость раскольников. Исполненный мужественной решимости, он обращается к братии с призывом сгореть в огне во имя святой веры. Из леса доносятся звуки труб. Раскольники с молитвой проходят в скит и поджигают себя. Вместе с братией гибнет и Андрей, которого увлекла в огонь Марфа, мечтая в смерти соединиться с любимым.
