Анна Шишкина — режиссёр-ассистент более чем пятидесяти оперных спектаклей нынешнего репертуара Мариинского театра, среди которых — «Кармен», «Нос», «Мёртвые души», «Пиковая дама» (в постановке Алексея Степанюка), «Псковитянка», «Паяцы» и многие другие.
В 2023 году она выступила режиссёром-постановщиком спектаклей «Набукко» (премьера состоялась в марте в Мариинском-2) и «Иоланта» (премьера прошла в апреле на исторической сцене). Анна Шишкина — режиссёр нескольких адаптаций оперных спектаклей для Концертного зала: «Сестра Анжелика», «Джанни Скикки», «Так поступают все», «Травиата» и др., а также постановщик концертов, проходящих на разных сценах театра.
Под руководством Анны Шишкиной для Приморской сцены Мариинского театра были адаптированы «Травиата», «Макбет», «Пиковая дама», «Турандот», «Мадам Баттерфлай», «Мазепа», «Снегурочка».
Участвовала в гастролях оперной труппы на сцене Московского концертного зала «Зарядье» (спектакли «Валькирия», «Зигфрид», «Золото Рейна», «Макбет», «Турандот», «Пеллеас и Мелизанда», «Семён Котко» и др.), в филиале Мариинского театра в Республике Северная Осетия – Алания (полусценическая версия оперы «Турандот»), в Баден-Бадене и Римини (спектакль «Симон Бокканегра»), в Китае (спектакли «Тоска» и «Макбет»).
