Эмиль Яковлев родился в городе Далматово Курганской области. Окончил Курганское музыкальное училище и Санкт-Петербургскую консерваторию им. Н.А. Римского-Корсакова (класс Олега Фёдоровича Шульпякова). В 2016 году стажировался как дирижёр в классе заслуженного артиста России Владимира Абрамовича Альтшулера.
В 1994–1997 годах работал в камерном оркестре «Санкт-Петербургский Моцартеум». В 1999–2014 годах являлся концертмейстером камерного оркестра «Балтика». В 2008–2011 годах был музыкальным руководителем спектакля Сергея Безрукова «Хулиган. Исповедь». С 2013 по 2020 год — артист Академического симфонического оркестра Санкт-Петербургской филармонии им. Д.Д. Шостаковича.
В составе ансамбля Remolino гастролировал в Украине, Казахстане, Польше, Великобритании, Китае, Финляндии, Швеции, Норвегии, Швейцарии и США. Выступает в составе джазовых ансамблей Петербурга.
В 2016–2019 годах — аранжировщик и руководитель концертного ансамбля Василия Герелло. Также являлся приглашённым солистом-концертмейстером Нарвского симфонического оркестра.
С октября 2020 года — артист и концертмейстер первых скрипок симфонического оркестра Приморской сцены Мариинского театра.
