Сергей Скорнецкий родился в Североморске (Мурманская область). В 1995 году окончил постановочный факультет Школы-студии МХАТ (курс Ефима Удлера).
Работал художником по свету в Московском театре Олега Табакова, затем художником по свету и сценографом во многих других театрах. Сотрудничал с такими режиссёрами и художниками, как Валерий Фокин, Кама Гинкас, Адольф Шапиро, Кирилл Серебренников, Александр Марин, Миндаугас Карбаускис, Деклан Доннеллан, Ник Ормерод, Роман Виктюк, Сергей Бархин, Март Китаев, Давид Боровский, Александр Боровский, Вера Мартынов, Владимир Боер и др.
Оформил более шестидесяти спектаклей, в том числе: «На дне» и «Последние» Горького, «Признания авантюриста Феликса Круля» Томаса Манна, «Псих» Минчина, «Старый квартал» Теннесси Уильямса, «Комната смеха» Богаева, «Отец» Стриндберга, «Не всё коту масленица» Островского, «Сублимация любви» Бенедетти, «Идиот» Достоевского, «Опасные связи» Лакло, «Долгий рождественский обед» Уайлдера, «Аркадия» Стоппарда, «Бег» Булгакова, «Синхрон» Хюрлимана, «Лицедей» Бернхарда, «Солдатики» Жеребцова, «Брак 2.0» по произведениям Чехова, «Буря. Вариации» по мотивам пьесы Шекспира, «Мадонна с цветком» по повести Марии Глушко «Мадонна с пайковым хлебом», «Сестра Надежда» по пьесе Володина «Старшая сестра», «Три сестры» Чехова, «Эмма» по роману Флобера «Мадам Бовари», «Рассказ о счастливой Москве» по роману Платонова «Счастливая Москва», «Два ангела, четыре человека» Шендеровича в Московском театре Олега Табакова; «Безумная из Шайо» Жироду, «Ревизор» Гоголя, «Орнифль» Ануя, «Время и семья Конвей» Пристли в Московском академическом театре сатиры; «Горе от ума» Грибоедова в «Театральном товариществе 814»; «Две женщины» по пьесе Тургенева «Месяц в деревне», «Визит дамы» по пьесе Дюрренматта «Визит старой дамы» в театре «Ленком»; «Таланты и поклонники» Островского, «На чемоданах» Ханоха Левина, «Дядюшкин сон» Достоевского, «Август: графство Осейдж» Леттса, «Господин Пунтила и его слуга Матти» Брехта, «Кант» Ивашкявичюса в Театре им. Вл. Маяковского; «Бунин» в Электротеатре Станиславский; «Коварство и любовь» Шиллера, «Мелкий бес» Сологуба, «Орфей» Теннесси Уильямса в Театре Романа Виктюка; оперы «Севильский цирюльник» Россини, «Джанни Скикки», «Саломея», «Богема», «Мадам Баттерфлай», «Кармен», DIDO («DIDO. Пролог» Наймана / «Дидона и Эней» Пёрселла), «Игроки» Шостаковича, «Школа жён» Владимира Мартынова, кантата Стравинского «Вавилон» в Московском театре «Новая опера» им. Е.В. Колобова.
Художник-постановщик зонг-оперы ужасов TODD (2012), которую группа «Король и Шут» создала на основе пьесы Кристофера Бонда о Суини Тодде.
В 2016 году оформил спектакль «Евгений Онегин» в Латвийской национальной опере.
Вместе с режиссёром Вячеславом Стародубцевым работал над созданием спектаклей «Турандот», «Аида», «Бал-маскарад», «Любовный напиток», «Моцарт и Сальери», «Франческа да Римини», «Замок герцога Синяя Борода», «Дидона и Эней», «Кащей Бессмертный» в Новосибирском государственном академическом театре оперы и балета, «Моцарт. Свадьба Фигаро» в Михайловском театре, «Садко», «Богема» (обновление постановки Федерика Мирдиты), «Риголетто» в Челябинском государственном академическом театре оперы и балета им. М.И. Глинки.
В Мариинском театре оформил постановки Вячеслава Стародубцева «Царская невеста» (2018, Приморская сцена), «Моцарт и Сальери» (2019), «Кащей Бессмертный» (2019), «Тангейзер» (2019)
В 2015 году был удостоен Российской национальной театральной премии «Золотая маска» за спектакль «Мера за меру» (2013; Театр им. Пушкина (Москва) — театральная компания Cheek by Jowl (Лондон)).
