第一幕
莫斯科广场。大贵族贵族夏克罗维蒂要普蒂雅奇代写一封密告信，不准泄密，否则将受刑、处死。他口授内容，说霍万兴那父子谋反，想立自己儿子为帝，自己摄政。夏克罗维蒂等普蒂雅奇写完信取走。与此同时，巡逻广场的弓箭手吹嘘最近对可恨的大地主的屠杀。为了纪念这些血腥事件，广场上竖起了一根柱子，上面刻着被处决者的名字。有人停在柱子前，他们让普蒂雅奇给他们读那些遇难者的名字。一想到军队暴动，他们就陷入悲哀的沉思。
在民众欢呼合唱声中，霍万兴那大公登场，大众唱赞颂他的歌，和霍万兴那一起退场。德国姑娘恩玛被霍万兴那的儿子安德烈追赶着登场，她说，你杀死我的父亲和未婚夫干脆把我一起杀了。安德烈拥抱她，恩玛反抗，被安德烈抛弃的情人、分离派修女玛尔华看到，玛尔华救了恩玛。归来的霍万兴那大公看到了这一幕。 他自己喜欢恩玛，但安德烈准备杀了她，而不是把她交给父亲。他拔短剑要刺恩玛，反被多西费把剑夺走。
第二幕
摄政公主索菲亚的宠臣、情人戈利钦大公府，夜。戈利钦读索菲亚来信，喃喃低语说，公主是权力欲极强的野心家，虽是自己情人，何时会被杀头都不可预料。玛尔华上场，戈利钦要她替自己算命。玛尔华以咒语召唤灵界幽灵，唱预言之歌《将袭击你的是失势与流放》。戈利钦大怒，大叫着“消失吧”，令部下把玛尔华推入沼泽。戈利钦哀叹自己命运，霍万兴那来访，指责他削弱自己的权力。两人争吵时，多西费上场又警告说，分离派正处在危机中，希望大家同心协力。但实际三人各怀鬼胎，戈利钦希望索菲亚从摄政变为女帝，霍万兴那想推儿子登上皇座，多西费想把尼曼派消灭干净。他们共同的希望是尽快弄垮彼得帝。传来分离派教徒合唱，玛尔华重新上场，指控戈利钦派人暗杀她，多亏彼得帝的卫兵相救。三人听说与彼得帝一起长大的卫兵已经获得权力而感惶恐。这时夏克罗维蒂向大家报告，霍万兴那的阴谋已被告发，沙皇已下令要逮捕他，大家将信将疑。
第三幕
玛尔华来到霍万兴那家的庄园。她还在思念背叛自己的情人安德烈，她唱：“你把我抛弃，我也绝对不让你自由，让我们一起走向熊熊烈焰。” 多西费说，现在不是走向死的时候，两人一起下场。远处传来士兵合唱，喝醉了酒的士兵唱着登场，他们的妻子们也跟着穷开心。普蒂雅奇警告，别处军营已遭彼得帝卫兵袭击，弄清真相的士兵们请出霍万兴那，建议立即迎战彼得帝的军队。霍万兴那责备说现在不是时候，回到自己家中。士兵们预感自己命运的悲伤合唱。
第四幕
第一场
戈利钦的仆人警告霍万兴那他有生命危险。霍万兴那勃然大怒——在自己的庄园里，谁敢碰他？夏克罗维蒂上场，要霍万兴那去参加摄政最高会议，霍万兴那穿礼服准备出发。霍万兴那出门就被刺客刺死，夏克罗维蒂哼着姑娘们合唱的曲调大笑 — 刺客就是他的部下。
第二场
戈利钦真的被贬谪，广场上的民众目送他流放的马车远去。多西费上场感叹大势已去，玛尔华告诉他，彼得帝已下令要把分离派教徒斩尽杀绝。安德烈上场，指责因玛尔华的背叛，给大家带来灾祸，要把她处死。他吹起号角召唤士兵，无一人响应。玛尔华告诉他士兵都已被捕，拉他逃走。被捕的士兵扛着砍头用的圆木与斧子上场，等待处死。但卫兵首领赶来，最终宣布彼得帝已下令对他们特赦，让他们回到克里姆林宫。
第五幕
松林中的分离派修道院，月夜。多西费绝望地唱歌，说希望已破灭，与其屈服在沙皇前放弃信仰，不如把修道院烧掉，大家一起火化。教徒们响应，唱殉教合唱《让圣火使我们洁净》，大家一起走进修道院。单独留下的玛尔华对安德烈说“请你回忆把我抱在怀里的那个夜晚吧”，她拉着他的手走向烈焰。彼得帝军队的号角声临近，分离派教徒们把木柴堆在修道院周围，玛尔华以蜡烛点火，修道院与教徒们全被烈焰吞没。
